Super Meat Boy 3D получила от критиков 79 баллов. Игра считается достойным, хотя и неоднозначным наследником хардкорной классики. Переход в полное 3D стал для серии настоящим испытанием. Игрожур массово хвалит разработчиков за смелость, но отмечает, что новая перспектива принесла с собой ворох проблем с точностью движений и камерой. Тем не менее, критики сходятся во мнении, что дух оригинала остался нетронутым — это все еще беспощадный платформер, заставляющий ломать геймпады и проклинать создателей после каждой сотой смерти на одном и том же месте.
Многие рецензенты подчеркивают, что управление в третьем измерении ощущается на удивление отзывчивым, а визуальный стиль и черный юмор серии никуда не делись. Однако левелдизайн вызывает вопросики. Если одни в восторге от новых возможностей обхода препятствий, то другие жалуются на «дешевые» смерти из-за специфических углов обзора. Некоторым экспертам уровни показались недостаточно сложными по сравнению с игрой 2010 года, а битвы с боссами — затянутыми и строящимися на методе проб и ошибок.
Самые высокие оценки игра получила от изданий, оценивших сохранение идентичности серии. Как художественно выразились критики, «Super Meat Boy 3D — это Super Meat Boy, только в 3D, и это лучшая похвала, которую можно дать». Несмотря на шероховатости переходного периода, проект называют обязательным к ознакомлению для ветеранов спидранов и новичков, готовых к боли. «Я кричал, орал и десятки раз вспоминал матерей разработчиков, но так и не захотел бросить игру», — гласит один из итоговых вердиктов.
