Самостоятельное дополнение к Subnautica возвращает игроков на планету 4546B, но на совершенно новую территорию, не содержащую частей карты оригинальной игры.
События Subnautica Below Zero происходят в Арктике, но не только под водой, но и на поверхности. Главной героиней является Робин Гудолл, сотрудница компании Альтерра, отправленная на планету с целью изучения местной флоры и фауны. В какой-то момент на космической станции происходит катастрофа и приоритеты Робин резко меняются: с отправки образцов на выживание.
Игрокам предстоит изучить новую часть знакомого мира, познакомиться с местной живностью и встретить невиданные ранее образцы биомов. Параллельно необходимо обзавестись новым жилищем, искать себе пропитание и создавать необходимое для выживания оборудование.
Сюжет и место действия: Subnautica: Below Zero разворачивается в той же вселенной, что и первая часть, но в другом месте - на планете 4546B. Действие происходит в арктическом регионе этой планеты, где игрокам предстоит исследовать замерзшие острова, ледяные пещеры и подводные миры.
История игры начинается с того, что главная героиня, Робин Айю, отправляется на поиски своего пропавшего брата, Паркера, который исчез при загадочных обстоятельствах. В процессе исследования планеты и погружения в подводные глубины, игрокам предстоит столкнуться с различными опасностями, тайнами и уникальными существами.