Действие M.E.R.C. происходит в Неотопии – это последний город нашей планеты, который пытаются поделить могущественные корпорации. Но одна фирма проявляет излишнее рвение, поэтому ее решено ликвидировать вместе с руководством. С этой целью формируется отряд бойцов, а мы становимся руководителем этой группы.
Игра представляет собой классический командный шутер с упором на тактику. Можно разделять группу подопечных на два отряда, чтобы эффективнее выполнять задания: например, пока одна группа держит врага под огнем, другая заходит с тыла. В M.E.R.C. присутствует кооператив и одиночный режим.