Secret of Mana

События игры разворачиваются в вымышленном мире после окончания продолжительной войны между человеческой цивилизацией и богоподобными существами, использовавшими ману для управления «Крепостью маны», гигантским воздушным боевым кораблём. В ходе войны легендарный герой с помощью Меча маны смог уничтожить крепость и усмирить разгневанных богов, в результате чего повсюду установились мир и процветание. В настоящее время трое ребят, нарушая запрет старейшины деревни, отправляются на поиски сокровищ в пещеру под водопадом, где один из них, протагонист игры, падает в озеро и находит старый ржавый меч. Ведомый таинственным голосом, он высвобождает меч из камня и защищает деревню от внезапного нападения монстров. Жители, тем не менее, считают происшедшее плохим знамением и принимают решение изгнать юношу. Герой отправляется в путешествие и встречает старого рыцаря, который узнаёт в найденном мече тот самый Меч маны из легенд. Чтобы вернуть мечу былую силу, мальчик должен посетить восемь святилищ маны — в этом ему помогают потерявшая память фея и дочь знатного господина.