Игра базируется на творчестве писателя Говарда Лавкрафта – таинственного человека со специфической манерой повествования и мрачными историями. Герой игры – Фрэнк Гилман, который приходит в себя на исследовательской станции в Антарктиде. Кругом ни души, но быстро становится понятно, что в результате неудачного эксперимента Фрэнк погиб.
Вернувшись к жизни, герой стал чуточку другим: появились воспоминания о странных событиях и местах, где раньше он точно не бывал. Теперь ему нужно изучить базу и найти ответы на множество вопросов.
Фрэнк может погибнуть, и тогда попадет в нечто вроде лимба: иную реальность, в которой доступно больше сюжетных деталей. Известно, что в Conarium предусмотрено два уровня сложности: на легком герой вообще не погибает, поэтому всю историю узнать не получится.